Fue fundada en 1764, en la confluencia de los ríos Misisipí y Misuri, por Pierre Laclède, justo en el momento en que toda La Luisiana era cedida por Francia a España. Laclède estaba asociado a Gilbert Antoine de St. Maxent, poderoso comerciante de Nueva Orleans, que sería, años después, el suegro de Bernardo de Gálvez. Ambos tenían el monopolio del comercio de pieles con la ciudad española de Santa Fe (hoy, Nuevo México, EE. UU.). El primer gobernador español, Pedro Piernas, no llegó hasta 1770.
Al entrar España en guerra contra Inglaterra, en 1779, la ciudad contaba con unos novecientos habitantes y algo más de un centenar de casas. Al año siguiente, los británicos lanzaron un violento ataque con tropas regulares y aliados indios. El gobernador era entonces Fernando de Leyba, que contaba con una treintena de soldados regulares, apoyados por milicianos, habitantes y sus criados. El ataque fue rechazado gracias a las defensas construidas previsoramente, la principal de las cuales era el fuerte San Carlos.
Leyba, durante la Guerra de Independencia, apoyó con dinero y suministros al coronel rebelde George Rogers Clark, quien recibió, además, ayuda desde Nueva Orleans, para su campaña contra los ingleses en el alto Misisipí.
De la etapa española de la ciudad (llamada, entonces, San Luis de Ilinueses), apenas quedan referencias hoy en día, más allá de algunos nombres en el callejero, como el Parque Carondelet. Curiosamente, el edificio del pabellón de España, de la Exposición Mundial de Nueva York de 1964, fue trasladado a la ciudad por iniciativa del alcalde de origen hispano Alfonso Cervantes y hoy es el hotel Marriott. En el lugar donde se levantó el fuerte San Carlos, una placa en bronce recuerda la defensa española de 1780.